La storia di questo Ordine è antica di quasi mille anni. L’Ordine nasce a Gerusalemme, in pieno medioevo e ancora oggi è attivo e vitale.
I crociati che nel 10/99 conquistarono Gerusalemme, trovarono nei pressi del SS un ospedale eretto da una comunità religiosa che si ispirava alla regola di S. Benedetto;
I frati che vi appartenevano, si erano dati come patrono S. Giovanni Battista, indossavano una veste nera e portavano sul petto la croce bianca della repubblica di Amalfi.
Sarebbero stati alcuni ricchi mercanti della Repubblica marinara a ottenere, anni prima, dal Califfo d’Egitto, il permesso per costruire nel quartiere latino della città santa una chiesa, un convento e un ospedale nel quale assistere pellegrini di qualsiasi fede o razza.
Si è usato il condizionale in quanto esistono varie versioni di questa origine, ma l a tesi più accreditata considera quei confratelli l’antico nucleo dell’Ordine di S. Giovanni.
Fu sicuramente nelle giornate della conquista della Palestina, che i Giovanniti si affacciarono alla ribalta della storia: infatti i crociati stremati dal lungo assedio alla città Santa trovarono subito nel loro ospedale cure e conforto. Molti dei Cristiani venuti a liberare il SS, mostrarono il vero motivo della loro adesione alla crociata: la sete di conquista di nuovi territori; spesso impegnati in estenuanti conflitti tra loro si disinteressarono dei pellegrini, delle loro sicurezza e salute.